Sejarah Jurusan Matematika FMIPA Unesa tidak dapat dipisahkan dari sejarah berdirinya Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta IKIP Surabaya berdasarkan SK Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan nomor 182/1964 tertanggal 19 Desember 1964, yang merupakan SK berdirinya Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Surabaya yang pada saat itu memiliki 5 fakultas: Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Keguruan Ilmu Sosial (FKIS), Fakultas Keguruan Sastra Seni (FKSS), Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE), dan Fakultas Keguruan Ilmu Teknik (FKIT).
Sejarah Unesa tidak dapat dipisahkan dari IKIP Surabaya yang dimulai sekitar tahun 1950. Berawal dari kursus B-I dan B-II bidang Ilmu Kimia dan Ilmu Pasti yang memanfaatkan sarana dan prasarana berupa ruang kelas dan laboratorium dari pendidikan Belanda, Hoogere Burger Schol (HBS). Kursus-kursus tersebut diselenggarakan di Surabaya untuk memenuhi kebutuhan tenaga guru setingkat SLTP dan SLTA. Kursus-kursus tersebut meliputi: (a) B-I dan B-II Kimia, (b) B-I dan BII Ilmu Pasti, (c) B-I Bahasa Inggris, (d) B-I Bahasa Jerman, (e) B-I Teknik, (f) B-I Pendidikan Jasmani, (g) B-I Ekonomi, (h) B-I Perniagaan, dan (i) B-I Ilmu Pesawat. Pada tahun 1957, kursus-kursus B-I dikelompokkan menjadi dua, yaitu (1) Kursus B-I Umum, yang meliputi Bahasa Inggris dan bahasa Jerman, dan (2) Kursus B-I Kejuruan, yang meliputi Kimia, Ilmu Pasti, Ekonomi, Perniagaan, Teknik, Pendidikan Jasmani, dan Ilmu Pesawat. Kursus-kursus tersebut berlangsung sampai tahun 1960.
Untuk menghilangkan dualisme kursus B-I dan B-II dengan lulusan yang tidak
bergelar, dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) yang
menghasilkan lulusan bergelar, dengan Ketetapan MPRS No. 11/MPRS/1960
kedua kursus tersebut diintegrasikan ke dalam Fakultas Keguruan dan Ilmu
Pendidikan (FKIP) yang mencetak guru sekolah lanjutan. Selanjutnya
lembaga tersebut, berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor
6/1961 tertanggal 7 Februari 1961, diintegrasikan menjadi salah satu
fakultas dalam FKIP Universitas Airlangga Cabang Malang dan bernama FKIP
Universitas Airlangga Cabang Surabaya.
Pada tahun 1962 dengan berdirinya Akademi Pendidikan Guru (APG), yang
kemudian menjadi Institut Pendidikan Guru (IPG), dualisme muncul
kembali. Untuk menghilangkan dualisme tersebut, berdasarkan Surat
Keputusan Presiden nomor 1/1963 tertanggal 3 Januari 1963 dilakukan
integrasi IPG dengan FKIP menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan
(IKIP). Dengan integrasi ini FKIP Universitas Airlangga di Malang, pada
tanggal 20 Mei 1964, statusnya diubah menjadi IKIP Malang Pusat dan FKIP
Universitas Airlangga Cabang Surabaya berubah menjadi IKIP Malang
Cabang Surabaya. Keadaan semacam itu berlangsung sampai tanggal 19
Desember 1964.
Dengan berintegrasinya Sekolah Tinggi Olahraga ke IKIP Surabaya menjadi Fakultas Keguruan Ilmu Keolahragaan sejak tahun 1977, berdasarkan Peraturan Pemerintah R.I. nomor 27/1981 IKIP Surabaya memiliki 6 fakultas: Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni (FPBS), Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FPMIPA), Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS), Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan (FPTK), dan Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (FPOK).
Selanjutnya, berdasarkan SK Presiden R.I. nomor 93/1999 tertanggal 4 Agustus 1999, IKIP Surabaya mendapatkan perluasan mandat (wider mandate) dengan berubah menjadi Universitas Negeri Surabaya (Unesa) dengan mengelola 6 fakultas: Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Bahasa dan Sastra (FBS), Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA), Fakultas Ilmu Sosial (FIS), Fakultas Teknik (FT), dan Fakultas Ilmu Keolahragaan (FIK).
Jurusan Matematika sendiri mengalami evolusi sejak awal didirikan. Pada periode 1964 –1978 Jurusan Matematika FKIE IKIP Surabaya hanya memiliki program studi Pendidikan Matematika dengan menyelenggarakan program doktoral (S1) dan program sarjana muda (BA). Selanjutnya, pada periode 1979 – 1988 Jurusan Matematika FPMIPA IKIP Surabaya masih memiliki program studi Pendidikan Matematika dengan menyelenggarakan program S1 dan diploma (D1, D2, dan D3). Kemudian, pada periode 1989 – 1999 Jurusan Matematika FPMIPA IKIP Surabaya masih memiliki program studi Pendidikan Matematika dengan menyelenggarakan program S1. Pada periode 2000 – sekarang Jurusan Matematika FMIPA Unesa memiliki program studi Pendidikan Matematika dan Program Studi Matematika dengan menyelenggarakan program S1.